지난 수년간 당과 국가는 현대적이고 투명하며 공정한 세제 구축을 일관되게 추진해왔으며, 이는 기업에 우호적인 환경을 조성하고 지속가능한 경제 성장을 촉진하는 데 목적이 있다. 그러나 새로운 정책의 시행에는 항상 일정한 시차가 존재하며, 이에 따라 관리기관은 현장의 목소리를 신속하게 청취하고 실제 상황에 맞게 선제적으로 조정할 필요가 있다. 2024년 11월 26일 국회에서 통과되어 2025년 7월 1일부터 시행되는 부가가치세법 제48/2024/QH15호는 세제 정책 완비에 있어 중요한 문서이지만, 시행 준비 과정에서 특히 농업, 동물사료 수출, 세금 환급 조건 등 여러 분야에서 많은 미비점이 드러났다.
농산물 생산 및 수출 분야의 주요 미비점
부가가치세법 제48/2024/QH15호에 따르면, 기업은 상업 단계를 거쳐 거래되는 농산물에 대해 5%의 입력 부가가치세를 납부해야 하며, 이후 수출 시 세금 환급을 받게 된다. 메기와 후추, 커피 등 수출 비중이 높은 일부 품목의 경우, 부가가치세를 먼저 납부하고 환급받는 구조는 기업의 시간과 자금이 묶이게 하며, 신용기관이 운전자금 대출 시 이 세금액을 집행하지 않아 재정적 압박과 경영 효율성 저하로 이어진다. 이는 특히 자연재해, 특히 주요 생산지의 태풍과 홍수로 경제가 큰 타격을 입은 상황에서 더욱 심각하다. 환급을 기다리며 수천억 동의 부가가치세가 묶이게 되면, 기업은 구매, 가공, 수출에 필요한 자금을 능동적으로 확보하지 못하게 된다.
업계 협회들은 이러한 상황을 명확히 보고했다. 농업 분야 일부 업종의 추정 자료에 따르면, 2025년 하반기 6개월 동안 커피 기업이 임시로 납부해야 하는 5% 부가가치세는 약 5천억 동, 식품 분야는 약 2천16억 동, 후추 및 향신료 분야는 약 2천162억 동에 달한다. 이들 모두는 재고가 많고 자금 회전이 신속히 이뤄져야 하는 주요 수출 산업이다.
또한, 현행 규정은 국내산과 수입산 상품 간의 불평등을 초래한다. 수입 농수산물은 베트남에 들어올 때 부가가치세가 면제되지만, 국내산 상품은 상업 단계에서 세금을 부담해야 한다. 이는 국내 기업의 비용을 증가시키고 수입산에 유리한 환경을 조성해, 이미 자연재해로 큰 피해를 입은 국내 농업 생산에 부정적 영향을 미친다.
동물사료에 적용되는 세금 정책도 심각한 문제로 지적된다. 동물사료는 비과세 품목이기 때문에 입력 부가가치세 공제나 환급이 불가능해, 사료 제조업체의 비용이 증가하고 판매가가 상승해 축산 농가에 부담을 준다. 또한, 이 규정은 공정성을 보장하지 못하며, 수입 동물사료와의 경쟁력 저하로 이어질 수 있다. 수입 동물사료 역시 부가가치세가 면제되어 국내 기업에 상당한 불이익을 준다.
기업들이 보고한 또 다른 주요 어려움은 부가가치세 환급 조건이다. 현행법상 구매자는 판매자가 세금을 신고·납부한 경우에만 환급을 받을 수 있다. 실제로 수출 기업은 입력 부가가치세 환급을 받을 권리가 있지만, 판매자의 세금 신고·납부 확인을 기다려야 하므로 환급 절차가 지연된다. 이는 환급을 신청하는 기업이 환급 서류 준비 시점에 판매자의 세금 준수 여부를 확인할 법적·기술적 수단이 없기 때문이다. 이 규정은 구매자와 판매자가 별개의 독립된 주체임에도 불구하고 각자의 책임 범위와 일치하지 않는다는 지적도 여러 기관과 개인으로부터 제기됐다.
세금 환급 서류 처리 지연은 현금 흐름 차단, 사업 계획 차질, 수출 계약 이행 곤란 등 여러 문제를 야기한다. 농산물 수출이 국가의 강력한 지원을 필요로 하는 상황에서 이 규정이 유지된다면 많은 기업이 경쟁 기회를 상실할 수 있다.
3대 핵심 개정안 중심의 신속한 법률 개정 추진
이러한 어려움에 대응하고, 협회·기업·농업환경부의 의견과 권고, 그리고 여러 지역의 농업 생산에 큰 타격을 준 태풍과 홍수의 심각성을 고려해, 재정부는 부가가치세법 제48/2024/QH15호의 일부 조항을 개정·보완할 필요가 있다고 판단했다. 이는 피해 극복과 안정적인 생산·경영 활동 보장을 위한 조치다.
법률문서 제정법 제26조 2항은, 실무에서 긴급한 문제가 발생할 경우 국회 회기 중에도 법률안을 제출할 수 있도록 허용한다. 이번 신속 절차 적용은 정부가 사회경제에 직접 영향을 미치는 정책 문제에 유연하고 시의적절하게 대응하고 있음을 보여준다.
올해 11월 26일, 재정부 장관은 총리의 위임을 받아 국회 및 국회 상임위원회에 부가가치세법 일부 조항 개정·보완 법률안 심의·승인을 요청하는 1090/TTr-CP호 제출서를 서명했다. 이번 개정안은 기업의 어려움 해소와 기존 법률 간의 정합성·일관성 확보라는 두 가지 목표를 동시에 달성하는 데 목적이 있다.
이번 법률안은 세 가지 핵심 분야에 초점을 맞춘다. 첫째, 재배 작물, 조림, 가축, 양식 또는 포획 수산물 등 단순 1차 가공만 거친 제품이 상업 단계를 거쳐 거래될 경우, 세금 신고·납부 의무를 면제하고 입력 부가가치세 공제를 허용하는 조항을 부활시킨다.
이 조항에 따라, 기업은 상업 단계에서 거래되는 농산물에 대해 5% 입력 부가가치세를 납부하지 않아도 되어, 메기, 후추, 커피 등 수출 비중이 높은 주요 품목의 부가가치세 선납·환급 구조로 인한 재정적 부담과 경영 비효율을 해소할 수 있다.
둘째, 재배 작물, 조림, 가축, 양식 또는 포획 수산물 등 단순 1차 가공만 거친 제품이 동물사료로 사용될 경우, 동물사료 관련 법률에 부합하도록 부가가치세 정책을 조정한다. 이로써 동물사료 생산·유통 기업은 5% 부가가치세를 납부하지 않아도 되어, 생산비 절감과 수입 동물사료와의 경쟁력 제고에 도움이 된다.
셋째, 구매자가 판매자의 세금 신고·납부 이후에만 환급을 받을 수 있도록 한 조건을 삭제한다. 이 조항 폐지로 환급 소요 기간이 단축되어, 수출 기업의 부가가치세 환급이 판매자 확인 절차 없이 신속히 이뤄질 수 있다.
부가가치세법 일부 조항 개정·보완 법률안은 정부가 기업 지원, 국내외 상품 간 공정성 확보, 자연재해 이후 농업 생산 회복을 위한 세제 정책 개선에 대한 강한 의지를 보여주는 전략적 조치다. 이번 개정은 관리기관이 현실을 신속히 파악하고, 경제의 급격한 변동기에 맞춰 정책을 적시에 조정하는 적극적 자세를 반영한다.
